Los factores pronósticos mejor establecidos para el resultado individual dentro del TEA son la presencia o ausencia de una discapacidad intelectual asociada, el deterioro del lenguaje (por ej., un lenguaje funcional al llegar a los 5 años de edad es un buen signo pronóstico) y los otros problemas añadidos de salud mental. La epilepsia, como diagnóstico comórbido, se asocia a una mayor discapacidad intelectual y a una menor capacidad verbal.

Ambiental

Existen diversos factores de riesgo inespecíficos, como la edad avanzada de los padres, el bajo peso al nacer o la exposición fetal al valproato, que podrían contribuir al riesgo de presentar el TEA.

Genético y Fisiológico

Las estimaciones de la heredabilidad del TEA varían entre el 37 y más del 90%, basándose en la tasa de concordancia entre gemelos. Actualmente, hasta el 15% de los casos de TEA parece asociarse a una mutación genética conocida, siendo muchas las variantes de novo, del número de copias y las mutaciones de novo en genes específicos que se asocian al trastorno en las diferentes familias. Sin embargo, incluso si el TEA está asociado a una mutación genética conocida, ésta no parece ser completamente penetrante El riesgo en el resto de los casos parece ser poligénico, quizás con centenares de loci genéticos que realizan contribuciones relativamente pequeñas.