Muchos pacientes con TEA también tienen un deterioro intelectual y/o de lenguaje (p. ej., lentitud al hablar, comprensión de lenguaje peor que la producción). Incluso los que tienen una inteligencia normal o alta tienen un perfil de capacidades desnivelado.

La brecha entre las habilidades intelectuales y las habilidades funcionales adaptativas es a menudo grande. Muchas veces existen deficiencias motoras, como una manera de caminar extraña, torpeza y otros signos motores anormales (por ej., caminar de puntillas). Pueden producirse autolesiones (p. ej., darse golpes con la cabeza, morderse la muñeca) y son más comunes los comportamientos disruptivos/difíciles en los niños y en los con TEA que en aquéllos con otros trastornos, incluida la discapacidad intelectual.

Los adolescentes y los adultos con TEA tienen tendencia a la ansiedad y a la depresión. Algunos individuos presentan un comportamiento motor similar a la catatonía (ir más despacio y «congelándose» en medio de una acción), pero éstos no alcanzan normalmente la magnitud que se observa en un episodio catatónico. Sin embargo, es posible que los individuos con TEA presenten un deterioro marcado de los síntomas motores y muestren un episodio catatónico completo con síntomas como el mutismo, las posturas, las muecas y la flexibilidad cérea. El período de riesgo para la catatonía comórbida parece ser mayor durante la adolescencia.