El TEA se asocia frecuentemente a deterioro intelectual y a alteraciones estructurales del lenguaje (es decir, incapacidad para comprender y construir frases gramaticalmente correctas) que se deberían registrar con los correspondientes especificadores en cada caso. Muchos individuos con TEA tienen síntomas psiquiátricos que no forman parte de los criterios diagnósticos del trastorno (aproximadamente el 70% de los individuos con TEA puede tener un trastorno mental comórbido, y el 40% puede tener dos o más trastornos menta les comórbidos). Cuando se cumplen los criterios del Trastorno de Déficit Atencional con Hiperactividad y del trastorno del espectro autista, se deberían realizar los dos diagnósticos. Este mismo principio se aplica a los diagnósticos concurrentes de TEA y trastorno del desarrollo de la coordinación, trastorno de ansiedad, trastorno depresivo y otros trastorno comórbido.

Entre los individuos que tienen deficiencias en el lenguaje o no verbales, signos observables como serían las alteraciones del sueño o la alimentación y el incremento de conductas problemáticas deberían llevar a evaluar si existe ansiedad o depresión.

Las dificultades específicas del aprendizaje (lectoescritura y aritmética) son frecuentes, así como el trastorno de la coordinación.

Las afecciones médicas comúnmente asociadas al TEA deberían ser anotadas bajo el especificador «asociado con una conocida afección médica/genética o ambiental/adquirida». Tales afecciones médicas son la epilepsia, los problemas del sueño y el estreñimiento. El trastorno de la conducta alimentaria de la ingesta de alimentos es una forma característica de presentación del TEA bastante frecuente. Las preferencias extremas y restringidas de alimentos pueden persistir en el tiempo.